Bazy danych można podzielić według struktur organizacji danych, których używają:
Z wymienionych struktur, w praktyce zdecydowanie najczęściej używane są bazy relacyjne.
W bazach kartotekowych każda tablica danych jest samodzielnym dokumentem i nie może współpracować z innymi tablicami. Z baz tego typu korzystają liczne programy typu: książka telefoniczna, książka kucharska, spisy książek, kaset i inne. Wspólną cechą tych baz jest ich zastosowanie w jednym wybranym celu.
Model historyczny, pozwalał tylko na związki binarne; wiele do jeden.
Przykładem hierarchicznej bazy danych jest opracowana przez IBM baza IMS (ang. Information Management System).
W bazach relacyjnych wiele tablic danych może współpracować ze sobą (są między sobą powiązane). Bazy relacyjne posiadają wewnętrzne języki programowania, wykorzystujące zwykle SQL do operowania na danych, za pomocą których tworzone są zaawansowane funkcje obsługi danych. Relacyjne bazy danych (jak również przeznaczony dla nich standard SQL) oparte są na kilku prostych zasadach:
W bazach obiektowych dane przechowywane są w strukturach obiektowych (zdefiniowanych jako klasy). Koncepcje akademickie dotyczące baz obiektowych były najbardziej popularne w latach 90. Współcześnie popularność tego tematu zmalała, choć prace badawcze nad nimi nadal trwają, a na rynku pojawiły się obiektowe SZBD (np. Versant, db4o, LoXiM). Prace nad obiektowymi bazami danych ponowiło międzynarodowe konsorcjum OMG.
Bazy relacyjno-obiektowe pozwalają na manipulowanie danymi jako zestawem obiektów, posiadają jednak bazę relacyjną jako wewnętrzny mechanizm przechowywania danych.
Pod pojęciem bazy nierelacyjnej (NoSQL database) najczęściej rozumie się przechowywanie danych w formie listy par obiektów klucz-wartość, w których nie występują powiązania relacyjne między przechowywanymi obiektami. W bazie NoSQL najczęściej nie ma wymagania aby obiekty były jednorodne pod względem struktury. Niekiedy pojecie to używane jest szerzej, do określenia wszelkich struktur danych (niekoniecznie o postaci klucz-wartość) w których nie występują tabele i relacje.
Jest odmianą bazy relacyjnej, w której każdy rekord posiada stempel czasowy, określający czas w jakim wartość jest prawdziwa. Posiada także operatory algebry relacyjnej, które pozwalają operować na danych temporalnych (wyciągać historię).